Evolutionary Genomics

Vores forskning involverer en kombination af morfologisk, distributions-, genomisk og andre data til at undersøge omfattende spørgsmål af tværgående interesse, inklusiv evolutionen og økologien af planter, dyr og patogener i en naturlig, domesticeret eller medicinsk kontekst. Dette inkluderer udvikling og anvendelse af genomiske og proteomiske teknikker for at adressere spørgsmål med relevans for den arkæologiske videnskab, medicinsk og biodiversitets-overvågning og bevarelse.

Tidligere studenter-projekter:

  1. Populationsgenetik af norske spækhuggere (Orcinus orca) – Morten Tange Olsen
  2. Metagenomforskning af vin terroir – Tom Gilbert
  3. Brug af miljø-DNA (eDNA) i vandkvalitetsbedømmelse – Tom Gilbert
  4. Toxin-produktion og økologi af marine kiselalger fra Namibia – Nina Lundholm
  5. Populationsgenetik af aborre og rimte – Peter Rask Møller
  6. Genetisk diversitet i Romersk London, 200-400 AD – Hannes Schroeder
  7. Sæsonmæssige ændringer af bioaktive polysaccharider i Aloe – Louise Isager Ahl, Nina Rønsted

Populationsgenetik af norske spækhuggere (Orcinus orca)

Spækhuggere forekommer i alle verdenshave, hvor de lever af mange forskellige arter byttedyr – fra sild til pingviner, sæler og store bardehvaler. Lokale spækhuggerpopulationer er typisk tilpasset visse typer bytte, og bliver genetisk, økologisk og adfærdsmæssigt forskellige fra andre populationer. Disse ’økotyper’ er velkendte i Stillehavet og Sydhavet, men i Nordatlanten er differentieringen mellem økotyper mindre tydelig. Dette projekt brugte populationsgenetiske analyser af vilde dyr til at forstå økologi og evolution af norske spækhuggere, deres migrationsmønstre og økotype-struktur.

Studerende: Julie Bitz-Thorsen. Vejleder: Morten Tange Olsen

Metagenomics af vin terroir

Konceptet terroir ligger til grund for forskellene mellem vine. Et åbent spørgsmål er, hvad der præcist er den biologiske baggrund for dette koncept. Vi foreslår, at svaret ligger inden for det mikrobielle samfund, der findes på vingården. I dette projekt bliver mikroorganismerne i Chateau Latour i Bordeaux systematisk undersøgt, og derefter korreleret med de mikroorganismer, der er tilstede under fermenteringen, samt i insekt-vektorerne på vingården. Analyserne involverer shotgun metagenomics, shotgun transcriptomics og metabarcoding.

Studerende: Jacob Agerbo Rasmussen. Vejleder: Tom Gilbert.

Brug af vandmiljø-DNA (eDNA) i vandmiljøbedømmelse

Ved at bruge det nuværende vandkvalitets-indeks (DVFI), som blev implementeret af EU og den danske regering, som en kontrol, testes hvor tæt eDNA-prøver, der er taget indenfor samme tidsramme og lokation, korresponderer til dette index. Der testes også hvilket primer-sæt; Leray, Zeale eller 16ins, der giver den højeste nøjagtighed angående artssammensætning. I fremtiden vil denne test-metode muligvis kunne give mere komplette resultater end den nuværende.

Studerende: Kristian Greisen. Vejleder: Tom Gilbert.

Toxin-produkion og økologi af marine kiselalger fra Namibia

Opblomstringer af giftige kiselalger dannes regelmæssigt ud for Namibias kyst i Benguela upwelling systemet, hvilket anses for verdens mest produktive marine økosystem. Opblomstringerne skader dyrelivet og påvirker fiskeriet, fordi toxinerne ophobes i det marine fødenet. Diversiteten og det toxiske potentiale for den forekommende art er næsten ukendt, hvilket er lignende i andre Afrikanske vande. Projektet samplede og opbyggede kulturer af potentielt giftige kiselalger i Namibia, og disse kulturer blev brugt til morfologiske og fylogenetiske diversitetsstudier. Et eksperimentelt set-up der gjorde brug af varierende miljømæssige parametre som lys og temperatur, samt tilstedeværelse af græssere, bruges til at undersøge det toxiske potentiale af arten.

Studerende: Frederik Frøsig Gai & Cecilie Kirketerp Hedemand. Vejleder: Nina Lundholm.

Populationsgenetik for aborre og rimte

Danske havvande er karakteriseret ved en stærk salinitetsgradient; fra den salte Nordsø til brakvand i Østersøen. Nogle af vores ferskvandsfisk – f.eks. aborre og rimte – er i stand til at tilbringe meget tid i havet, og at migrere mellem fersk- og brakvand. Dette studie analyserede populationsstrukturer for aborre og rimte ud fra genetiske data og sampling fra indelukkede/blivende og migrerende populationer. Resultaterne var meget brugbare for at forstå økologien og evolutionen i danske vande og vestlige Østersø.

Studerende: Mikkel Skovrind. Vejleder: Peter Rask Møller.

Genetisk diversitet i Romersk London, 200-400 AD

Romersk London blev grundlagt omkring 43 AD efter en romersk invasion af Storbritannien. På sit højdepunkt i det 2. århundrede AD, var Londinium (det romerske navn for London) hjemsted for omkring 60 000 mennesker. Befolkningen i Romersk London har meget muligt været både etnisk og kulturelt divers, hvilket inkluderede både lokale og immigranter. Men præcist hvor diverst var Romersk London egentlig? Kom folk fra alle dele af det romerske imperie, som omfattede store dele af Europa, det nære Østen og Nordafrika, for at slå sig ned i byen? I dette studie lavede vi SNP data for hele genomer fra over 30 individer fra Romersk London, og brugte dem til at vise deres mest sandsynlige biogeografiske oprindelse. Resultaterne kastede et nyt lys over den kulturelle og etniske diversitet i Romersk London.

Studerende: Martin R. Ellegaard. Vejleder: Hannes Schroeder.

Sæsonmæssige ændringer af bioaktive polysaccharider i Aloe

Aloe vera bruges verden over i urtemedicin, kosmetik og husholdningsprodukter. Aloe polysaccharider i Aloe gel forbindes med anti-inflammatorisk og immun-modulerende aktivitet, men der vides meget lidt om polysaccharidernes rolle for Aloe’s tilpasning til forskellige miljøer, eller om variationen af deres sammensætning indenfor og mellem arter. I dette projekt analyseredes polysaccharid-sammensætningen i Aloe gel over et år ved brug af ’high throughput kulhydrat microarrays’, kombineret med molekylære prober, for bedre at forstå sukkulenters biologi. Cellebaserede assays af immun-modulerende aktivitet bruges til at udforske den medicinske værdi blandt Aloe arter.

Studerende: Narjes Al-Husseini & Sara Abdelhakim Majid Al-Helle. Vejledere: Louise Isager Ahl & Nina Rønsted.

Kurser fra sektionen:

  • Marine Mammal Biology and Research (NNMB15001U)
  • East Africa (NNMB14005)
  • Arctic Nature and Society  (NNMK17003U)
  • Ancient DNA and Evolution (NNMB17000U)
  • Archaeomics summer school (NNMK17006U)
  • Botanical Museomics (NNMK18002U)
  • Plant-Animal Interactions (NNMK14006U)